La Secretaría General (SG) como parte del nivel de Dirección Ejecutiva de la Universidad Nacional de Agricultura, es responsable de registrar, custodiar, archivar y dar fe pública de todos los actos académico-administrativos que se susciten en la institución. Es el órgano de comunicación oficial interna y externa de la Universidad, que cuenta con un titular denominado Secretario(a) General.

En esta instancia se promueve cumplir a cabalidad con las funciones establecidas bajo la premisa del desarrollo de una cultura de calidad con compromiso, eficiencia, transparencia, uso racional de recursos y buscando la mejora continua en los procesos para garantizar la satisfacción de los usuarios.

Para cumplimiento de sus funciones y ofrecer una atención oportuna, la Secretaría General cuenta con dependencias como: Secretaría del Consejo Superior Universitario y Registros Institucionales, la Unidad de Estudios y Registros Académicos dentro de la cual se incluye la Sección de Registro, Sección de Estadísticas y Becas, Sección de Archivo, Sección de Títulos y Carnetización.